Wahrscheinlich ist die Frauenkirche die älteste Kirche der Stadt Zittau.

Als romanische Basilika wurde sie als Wegekirche von Johanniter Kreuzherren zu Beginn des 13. Jahrhunderts erbaut. Ihre erste Urkundliche Erwähnung ist von 1355, man fand diese Aufzeichnungen im Kloster Marienthal. Die Frauenkirche wurde beim Brand der Zittauer Neustadt 1473 völlig vernichtet, kaum hatte man mit dem Wiederaufbau begonnen, wurde 1474 der Turm der Kirche durch Blitzschlag zerstört.

Zur Zeit der Reformation stand die Kirche leer.

Am Pfingstabend 1528 schlug erneut ein Blitz in das Dach der Frauenkirche, das Feuer konnte gelöscht werden. 1531 wurde das Kirchenschiff als Gießhaus umfunktioniert. 1535 am 20. August schlug erneut ein Blitz in die Kirche, sie wurde zerstört und blieb als Ruine stehen.

1572 vollendete man den Neubau eines kleinen Kirchleins, welches aus dem gewölbten Chor der alten Kirche entstanden ist.

1607 wurde die Kirche erweitert. 1619 war die Kirche renoviert und mit biblischen Bildern ausgemalt. In diesem Jahr bekam die Frauenkirche auch Ihren Flügelaltar mit einer geschnitzten Marienfigur aus der Johanniskirche. 1619 stiftete der Kirchvorsteher Martin Reimer vom Taufgeld des verstorbenen Sohnes, eine mit Renaissance Intarsien versehene Kanzel. 1702 wurde auch das nördliche Kirchenschiff in die Kirche integriert. 1897 wurde die Kirche renoviert und im Jahr 1928 bekam die Kirche an Stelle des Harmoniums eine Orgel der Orgelbaufirma Schuster.

In der heutigen Zeit wird die Frauenkirche fast nur noch für Trauerfeierlichkeiten genutzt. Es findet in jedem Jahr die Osternacht und die Andacht zum Totensonntag in der Kirche statt.

Ein besonderer Höhepunkt war 30.07.2004 eine Trauung in der Frauenkirche.